Боссы Launch Base Zone
Первый Босс - Robotnik's Black Ball Machine
В конце второго акта Launch Base Соник наконец-то достигает Роботника. Правда, тот не намерен сдаваться и использует новую машину, чтобы остановить ежа. Машина выдвигает платформу: либо под ней прокатывается гигантский чёрный шар, либо шар запускается над ней прямо в Соника, стоящего на платформе. Поэтому лучше лишний раз прыгнуть, чем стоять и ждать, пока тебя собьет этот шар. После того, как шар врезался в стенку, платформа задвигается обратно, но спустя пару секунд появляется и запускается новый снаряд. Главная трудность в том, что Роботник находится высоко, достать можно либо при помощи Тейлза, при помощи водного и электрического щитов, или же Инста-Щитом. Последние два способа работают лишь при прыжке с платформы. Нужно нанести 8 ударов для уничтожения.
Второй Босс - Robotnik's Laser Column
Когда первый босс уничтожен, Соника или Тейлза на берегу поджидает пустой Эгг Мобиль, с помощью его они приблизятся к ракете, перевозящей Death Egg, но их встретит Наклз, который постарается остановить Соника или Тэилза, но его попытка с грохотом провалиться, когда начнется запуск ракеты. Соник или Тейлз попадают на платформу, которая будет следующим полем битвы против новой машины Роботника, оборудованной двумя отсеками с лазерами и колючим шаром, защищающим голову машины. Надо ударить 9 раз, бить по голове, пока на ней нет колючего шара. И надо остерегаться лазеров.
Третий Босс - Big Arm
И очередная машина сломана, Роботник в отчаянии летит за совершенной машиной. Тучи вокруг темнеют, создается жуткая обстановка. Перед вами последний босс, Эгг Мобиль с прикрепленными к нему двумя меха-руками и защищенной колючками кабиной. Особую опасность представляют меха-руки, которые могут схватить Соника, Тэилза или Наклза (даже Супер Соника!) и ударить их об пол, у персонажей теряются кольца. Поэтому следует бить чуть выше рук прямо по лобовому стеклу Эгг Мобиля. Сам босс по полю битвы передвигается весьма предсказуемо, вылетает оттуда, куда залетал, вперед-назад. После того, как она пролетел туда-сюда, он летает сверху и так думает, как застать ежа врасплох. Обрушившись вниз, он продолжает летать туда-сюда, через несколько секунд останавливается и вылетает, затем его движения продолжаются в этом же порядке. Нанесите 8 ударов и попрощайтесь с Доком... На время.
У Наклза есть только второй и третий босс, правда это можно исправить, используя Debug Mode, и тогда можно уничтожить трех боссов.
Ремейк босса появился в 3DS-версии Sonic Generations.