Боссы Launch Base Zone

Первый босс - Robotnik's Black Ball Machine

В конце второго акта Launch Base Соник и Тейлз наконец-то достигают Доктора Роботника. Правда, тот не намерен сдаваться и использует новую машину, чтобы остановить ежа. Машина выдвигает платформу: либо под ней прокатывается гигантский чёрный шар, либо шар запускается над ней прямо в Соника, стоящего на платформе. Поэтому лучше лишний раз прыгнуть, чем стоять и ждать, пока тебя собьет этот шар. После того, как шар врезался в стенку, платформа задвигается обратно, но спустя пару секунд появляется и запускается новый снаряд. Главная трудность в том, что Роботник находится высоко, и достать его можно либо с помощью Тейлза, либо с помощью водного и электрического щитов, либо Инста-щитом, либо обычным высоким прыжком. Последние два способа работают лишь при прыжке с платформы. Нужно нанести 8 ударов для уничтожения машины.

Второй босс - Robotnik's Laser Column

После уничтожения первого босса, который блокировал путь дальше, Соник и/или Тейлз идут к берегу и находят пустой Эгг Мобиль. Соник садится в него и приближается к ракете, которая перевозит Death Egg, но его встречает Наклз, который не собирается подпускать Соника к ракете, и бьёт Эггмобиль, отталкивая его назад. План Наклза, однако, вместе с не самой надёжной опорой с грохотом проваливается, когда ракета начинает взлетать. Соник летит дальше и долетает до некой платформы, которая расположена на ракете. Тут же появляется новая машина Роботника, оборудованная двумя отсеками с лазерами и колючим шаром, защищающим кабину с Роботником. Она летает вверх-вниз по краям экрана и старается поджарить Соника лазером. При получении повреждения босс ненадолго замирает, после чего продолжает лететь с заметным ускорением (чем больше было нанесено ударов, тем сильнее ускорение), пока не улетит за экран, после чего скорость нормализируется. Всего нужно ударить 9 раз по кабине, пока её не защищает колючий шар.

Третий босс - Big Arms

Очередной босс повержен, Роботник в отчаянии летит за "совершенной" машиной. Тучи вокруг темнеют, создается жуткая обстановка. Перед вами финальный босс Sonic 3, Эгг Мобиль с прикрепленными к нему двумя большими механическими руками (отсюда и название) и защищенной колючками кабиной. Особую опасность представляют руки, которые могут схватить Соника, Тейлза или Наклза (даже Супер Соника!) и ударить их об платформу, у персонажей теряются кольца. Бить босса следует чуть выше рук, прямо по лобовому стеклу Эггмобиля. Сам босс по полю битвы передвигается весьма предсказуемо, вылетает оттуда, куда залетал, вперед-назад. После того, как он один раз пролетел туда-сюда, он начинает летать сверху и думает, как застать героя врасплох. Обрушившись вниз, он продолжает летать влево-вправо, через несколько секунд останавливается и вылетает, затем его движения продолжаются в этом же порядке. Нанесите 8 ударов и попрощайтесь с Доком... На время.

Наклз сражается только с вторым и третьим боссом, причём третий немного ослаблен (больше шансов нанести повреждения). При большом желании сразиться с первым боссом можно использовать режим отладки для перемещения себя к цели.

Ремейк третьего босса появился в 3DS-версии Sonic Generations.