Super Emeralds - ещё один вид Изумрудов Хаоса. Отличаются от обычных Изумрудов Хаоса размером и формой. Встречаются Супер Изумруды гораздо реже, чем обычные Изумруды Хаоса. И, конечно, во много раз сильнее обычных изумрудов. Их можно получать при наличии всех Изумрудов Хаоса.Супер Изумруды доступны в игре "Sonic the hedgehog 3 & Knucles". Для того чтобы попасть к ним на спец этап не обязательно иметь с собой 50 колец. Достаточно найти гигантское кольцо, спрятанное на уровне. Гигантские кольца, которые телепортируют именно к Супер Изумрудам, на этот раз не просто золотого цвета. Теперь они переливаются разными цветами. Запрыгнув в это кольцо, игрок телепортируется в местность, где расположены все Супер Изумруды. В начале они все выглядят как каменные. Запрыгнув на любой из изумрудов игрок попадает на спец этап, где его можно заполучить. Спец этапы такие же как в игре "Sonic & Knucles". Цель спец этапа - собрать все синие сферы. И пройдя спец этап изумруд становится цветным. У каждого Супер Изумруда свой спец этап и цвет. Супер Изумрудов, как и обычных Изумрудов Хаоса, всего семь. Заполучив все Супер Изумруды, открывается гипер форма игрока. Соник становится Гипер Соником, Наклз - Гипер Наклзом, а Теилз - Супер Теилзом.